Es el Director de Investigación de Yoga de la Yoga Alliance, el Director de Investigación del Kundalini Research Institute, un Asociado de Investigación en el Benson Henry Institute for Mind Body Medicine, un Afiliado de Investigación del Osher Center for Integrative Medicine, y un Profesor Asistente de Medicina en la Escuela de Medicina de Harvard en el Departamento de Medicina del Brigham and Women’s Hospital en Boston. 

Ha llevado a cabo ensayos de investigación clínica que evalúan intervenciones de yoga para el insomnio, el trastorno de estrés postraumático, el estrés crónico y los trastornos de ansiedad, tanto en escuelas públicas como en entornos laborales. El Dr. Khalsa trabaja con la Asociación Internacional de Terapeutas de Yoga para promover la investigación sobre el yoga y la terapia de yoga como presidente del comité del programa científico anula para el Symposium on Yoga Research y como jefe de redacción del International Journal of Yoga Therapy. 

Es el editor médico del Harvard Medical School Special Report An Introduction to Yoga y jefe de redacción del libro de texto médico The Principles and Practice of Yoga in Health Care.